Fontaines, au nom si évocateur, vient du bas latin "Fontana" ou "fontis" qui veut dire source. Ce village a un long passé. On y a retrouvé les vestiges d'une villa romaine (ancienne cure) qui partiellement fouillée en 1885 laisserait supposer que Fontaines remonte à des temps très anciens et que l'eau de ses sources attirait et retenait les colons. C'est en 1228 que le nom de Fontaines figure dans le cartulaire de Lausanne. L'église de Fontaines y est déjà citée, mais nous savons qu'une chapelle fut érigée à la sortie du village (dernière maison) en direction de Cernier. Chapelle remplacée en 1386 par une église en forme de croix latine sur le modèle de la collégiale de Valangin classée monument historique et dédiée à Saint-Maurice où Jehan de Belly, ami et compagnon de Farel y prêcha la Réforme. Le village, ayant connu de nombreux incendies et transformations, ne possède plus guère de monuments anciens, à part l'église actuelle.
Notre commune compte 595 familles originaires de Fontaines, par filiation, par réintégration ou par naturalisation dispersées dans le monde entier. Tandis qu'au Moyen Age on naissait bourgeois de Valangin, on était communier de Fontaines. Fontaines est la patrie des Challandes, Buchenel, Lavoyer, Maillardet, Philippin et Richardet auxquels il faut ajouter les Heimatlos que la Constitution et les lois de l'époque répartirent dans toutes les communes du pays. Pour sa part, nos registres des ressortissants s'enrichirent des Nadenbousch et des Woodley. Enfin, avec les facilités d'agrégation, les ressortissants se sont multipliés depuis un siècle. Pour la plupart il portent des noms à consonance alémaniques, bernois en général, Hauser, Zehr, Schaerer, Steudler, Greber, Gafner, Jakob, von Aesch, Eggli. Nous trouvons aussi des noms d'origine française (Belleville), belge (Chailly), allemande (Pfeiffer), hongroise (Mlyncar), turque (Er), yougoslave (Ivanovic), vietnamienne (Bui), etc. Ce qui démontre que tout en gardant son identité notre village est ouvert au monde.
Les habitants de Fontaines furent d'abord agriculteurs, forgerons, taillandiers, plus tard horlogers, fromagers, parqueteurs, imprimeurs. Il y eut également jusqu'au début de ce siècle, une importante tuilerie à Landeyeux. Un incendie mit un terme à son exploitation. On fabriquait du ciment aux Convers et, pour la petite histoire, rappelons qu'en 1869, notre
commune fut mise sous tutelle à cause de l'incurie de ses autorités qui avaient accordé la caution de la commune aux propriétaires de la Fabrique de ciment. Ce fut le commencement de la débâcle et Fontaines chef-lieu du district du Val-de-Ruz avec siège de la préfecture depuis l'avènement de la République, se vit déchoir de ce titre en 1878 au profit de Cernier, par décision du Grand Conseil.
Oublions ce déboire pour retenir les noms qui honorèrent notre commune d'une manière ou d'une autre:
Les Maillardet, fameux horlogers et fabricants d'automates, émules des Jaquet-Droz et des Breguet, et qui portèrent au loin le renom de l'horlogerie neuchâteloise.
Aimé Challandes, patriote qui fut mêlé à la Révolution de 1848.
Richard Challandes, associé aux frères Maggi pour l'exploitation d'une minoterie dans le canton de Zurich, devenue la Fabrique Maggi et qui opta pour la carrière militaire et devint colonel. Il fit don au musée historique de Berne sa riche collection d'armes, de meubles et de curiosités et à Fontaines d'une propriété (l'immeuble de la Pharmacie) et d'un capital pour la création d'un fonds destiné à octroyer des bourses d'études aux jeunes garçons portant son patronyme.
Plus près de nous, le pasteur Paul Buchenel, traducteur de plusieurs oeuvres de Jérémias Gotthelf.
N'oublions pas les personnages qui ont passé à Fontaines une partie de leur vie et dont la renommée rejaillit quelque peu sur notre village :
Jonas Boyve (1654-1739), auteur des "Annales historique du comté de Neuchâtel et Valangin" fut pasteur à Fontaines et une plaque apposée sur le mur de l'ancienne cure en rappelle le souvenir. Souvenir encore et reconnaissance de la population qui fit élever, au sud de l'église, le buste du Dr. Schaerer, premier médecin de l'hôpital de Landeyeux qui dispensa notamment des soins aux trente-trois soldats français de l'armée de l'Est en 1871.
Robert Comtesse, président de la Confédération en 1904 et 1910, né à
Valangin en 1847 mais qui vécut une partie de son jeune âge à Fontaines où son père était notaire.
Enfin Henri Meyer, né dans ce village d'une pauvre famille, acquit une immense fortune en Egypte et légua des sommes importantes à des oeuvres d'utilité publique de son village natal. Malheureusement des événements survenus dans le pays des pyramides dans les années 1950 (nationalisation des biens étrangers, dévaluation de la monnaie, restriction à l'exportation des devises) n'auront en définitive laissé que des espoirs et des désillusions aux autorités en lieu et place des trésors et des fastes des Mille et une Nuits qui leur étaient promis au Casino Kit-Kat à Embabeh, près du Caire. Il reste tout de même en souvenir de ces illusions perdues une fontaine qui porte son nom au sud du collège.
L'écrivain Jules Baillods a écrit : "Fontaines est le pâté au milieu de la table. Il occupe le centre du Val-de-Ruz, entre les chaînes de Chaumont et de Tête-de-Ran, à quelque distance de la principale rivière du vallon, le Seyon, parmi les champs opulents, les vergers fleuris, les campagnes ondoyantes ou les moissons d'or. "
Cette description poétique ne nous dit pas que le territoire de la commune s'étend très loin sur la montagne. Des 62 communes du canton, elle est la seule à posséder deux enclaves. Ces enclaves se trouvent, l'une entre le village de Fontainemelon et la route de la Vue-des-Alpes, en nature de forêts, l'autre beaucoup plus vaste 6 km2 environ, va des Loges aux Convers et de la Roche-aux-Crocs à la Grand-Combe. Il comprend notamment Les Loges, La Vue-des-Alpes, La Grognerie, La Safrière, Derrière Tête-de-Ran, la Petite Corbatière, Le Pré de Suze, Les Convers, la Grand-Combe et le Montperreux. La commune est donc limitrophe avec la Sagne, La Chaux-de-Fonds et Renan.
